军户小麦育种基地主要从事小麦新品种选育、小麦高产高效栽培技术研究以及高产创建与展示；为引进国内外人才、培养人才、引进国内外优良小麦种质进行鉴定和创新利用搭建平台。该基地成立于2005年，先后被自治区科技厅命名为“国际玉米小麦改良中心（CIMMYT）新疆小麦试验站春小麦试验基地”、自治区外国专家局命名为“新疆引智成果示范基地”、新疆维吾尔自治区农业科学院命名为“新疆维吾尔自治区农业科学院作物研究所军户小麦育种基地”。以基地为平台积极与国际玉米小麦改良中心（CIMMYT）、中国农业科学院等国内外科研单位开展合作研究；多次接待CIMMYT、中国农业科学院、自治区科技厅以及外国专家局等领导专家，先后引进国外专家41人次。
基地拥有试验地290亩，拥有灌溉机井1眼，100立方米蓄水池1个，全部实现滴灌水肥一体化管理。建立以来共承担国家、自治区各类项目20余项；每年种植冬、春小麦育种材料约15000份，选育并经自治区审定春小麦新品种14个，新品种累计推广约2000万亩，为自治区提供了符合供给侧改革要求的小麦新品种，助力新疆小麦产业高质量发展为自治区粮食安全、乡村振兴、农业增效、农民增收做出了应有贡献。
